2016年1月，在年代剧《青谷子》中饰演知青教师方格 ；2月19日，与杜海涛、吴昕、隋凯合作主演爱情喜剧电影《恭喜发财之谈钱说爱》 ；4月7日，受邀加盟山东卫视历史文化类喜剧季播节目《你好历史君》的录制，在第二期”翻阅三国乱世“中饰演貂蝉 ；5月23日，参演的古装玄幻剧《仙剑云之凡》开播，孙耀琦饰演呆萌花痴的活泼少女蘅绾绾 ；6月20日，在古装武侠剧《六扇门》中饰演聪明伶俐、知书达理的名门闺秀曹懿恩 ；7月，拍摄都市玄幻偶像剧《我的美女老师第二季》 ；10月，加盟原创校园纪实节目《一年级·毕业季》，担任本季的大学辅导员 。
2017年6月21日，孙耀琦领衔主演的温情喜剧电影《周身闪光，过目难忘》在马来西亚槟城开机拍摄，她在片中饰演了大大咧咧的江小妙 ；同年，她还出演了古装剧《大明皇妃·孙若微传》，并在剧中饰演孙若微的女官双喜 。
2018年6月9日，作为梦想助力团嘉宾加盟山东卫视户外汽车挑战节目《挑战300秒》 ；随后，她还出演电影《非正式爱情》，并在片中饰演艾嘉。